По указанию Верхне - Обского бассейнового водного управления станция должна обеспечить расход в нижний бьеф в объёме 4550 м³/с.
На данный момент сохраняется тенденция постепенного снижения притока, он составляет 4670 м³/с. Среднесуточный расход через гидросооружения Новосибирской ГЭС за 10 июля – 4771 м³/с, в том числе холостые сбросы – 1406 м³/с.
По прогнозам специалистов приток к створу Новосибирской ГЭС должен снизится до 4200 м³/с к 15.07.2016, а во второй декаде июля его среднее значение составит 4200 м³/с (по данным Западно-Сибирского управления по гидрометеорологии и мониторингу окружающей среды).
В многоводные периоды только наличие гидроузла и водохранилища позволяет избежать подтопления Новосибирска. Например, в 2014 году водохранилище сдержало волну алтайского паводка или в 2015 г Новосибирская ГЭС спасала жилой фонд Новосибирска от подтоплений. А в этом году при максимальном притоке 5190 м³/с в нижний бьеф сбрасывалось всего 4770 м³/с.
