Вяхирев-младший начал карьеру газовика в 1980 г. простым инженером. В 1992 г. , когда его отец сменил Виктора Черномырдина на посту председателя правления "Газпрома", Юрий Вяхирев стал заместителем гендиректора компании "Панрусгаз" - СП "Газпрома" с венгерским газовым монополистом MOL. "Панрусгаз" возглавлял Мегдет Рахимкулов, позже активно делавший бизнес с детьми некоторых топ-менеджеров "Газпрома". После "Панрусгаза" Вяхирев-младший поработал содиректором российско-немецкого СП Wingas, а в 1999 г. возглавил "Газэкспорт" (предыдущим гендиректором этой компании был нынешний зампред правления "Газпрома" Юрий Комаров).