С 1995 г. работа Книжникова Алексея Юрьевича непосредственно связана с охраной окружающей среды.
В качестве координатора Каспийской программы в России в рамках международной организации ИСАР Книжников А.Ю. руководил проектом по оценке воздействий на окружающую среду и здоровье населения при освоении Карачаганакского газоконденсатного месторождения в Западном Казахстане.
В целях развития общественных экологических инициатив и межсекторного взаимодействия в области охраны природы в Каспийском регионе Книжников А.Ю. организовал серию международных семинаров и конференций по решению экологических проблем Каспийского моря, в том числе посредством диалога с нефтегазовыми компаниями: «Проблема нефтяных разливов и Северный Каспий» (2003 г.), «Охрана окружающей среды на Каспии: общественное участие, ответственность корпораций и оптимальное управление» (2002 г.), «Разработка принципов взаимоотношений неправительственных организаций с транснациональными корпорациями (ТНК) в Каспийском регионе» (2002 г.).
В 2003-2006 годах Книжников Алексей Юрьевич участвовал в Рабочей группе под подготовке и продвижению совместных требований неправительственных природоохранных организаций России к компаниям нефтегазового сектора. На основании этого документа с 2014 года и по настоящее время под руководством А.Ю.Книжникова реализуется проект рейтинга экологической ответственности. После аварийного нефтеразлива в США в Мексиканском заливе в 2010 году Президент России выступил с инициативой для стран G-20 по выработке комплекса мер по предотвращению аналогичных катастроф в будущем.
Была создана экспертная группа для проработки этой инициативы, в которую вошел и А.Ю.Книжников.
За вклад в работу этой группы он получил Благодарность Президента. За более чем 10 лет своей работы во Всемирном фонде природы Книжников А.Ю. достиг больших успехов во влиянии на экологические политики нефтегазовых и недродобывающих компаний.
Большая успешная работа была проведена для защиты охотско-корейской популяции серых китов от негативного воздействия добычи нефти на континентальном шельфе о. Сахалин, в результате которой численность этой популяции китов увеличилась.
Благодаря усилиям НКО, координацию которых осуществляет Книжников А.Ю., многие нефтедобывающие компании приняли программы по сохранению биоразнообразия в своей деятельности. Книжников Алексей Юрьевич является членом Международной экспертной группы по серому киту Всемирного союза охраны природы (МСОП). С 2015 года Книжников Алексей Юрьевич входит в Состав государственной экспертизы при ФАУ «Главгосэкспертиза» и Совет по нефинансовой отчетности Российского союза промышленников и предпринимателей (РСПП).