Родился в 1950 г. в селе Трубчаниново, Брянской обл. Окончил Брянский институт транспортного машиностроения. Работал машинистом турбин, диспетчером, инженером на компрессорных станциях, главным инженером "Саратовтрансгаза".
С 1985 г. - первый заместитель генерального директора, главный инженер "Мострансгаза".
В 1996 году стал членом правления Газпрома, генеральным директором компании по реализации газа - "Межрегионгаз". Доктор технических наук. Дважды, в 1998 и 1999 годах, экспертный совет Русского биографического института за создание и эффективное развитие современной рыночной структуры называл В.И. Никишина "Человеком года" в номинации "Предпринимательство. Экономика".
Погиб в автокатастрофе 29 октября 2005.