Родился 23 ноября 1957 года в Замоскворечье.
Окончил Московский институт электронного машиностроения (МИЭМ) по специальности "автоматика и электроника".
1979 - 1989 гг. - работал в Институте атомной энергии им. Курчатова. Участвовал в ликвидации последствий аварии на Чернобыльской АЭС (1986 г.).
1989 - 1990 гг. - работал в тресте "Моспромтехмонтаж".
1990 - 1991 гг. - главный специалист Управления делами, управляющий делами Моссовета.
1991 - 1997 гг. - управляющий делами Мэрии г. Москвы. Весной и летом 1996 года входил в предвыборный штаб Президента России Бориса Ельцина и предвыборный штабе Мэра Москвы Юрия Лужкова. В 1996-97 гг. входил в состав Правительства Москвы
1997-1998 гг. - заместитель Председателя Правления в ЗАО "Объединенная компания "ЮКОС-Роспром".
1998-2000 гг. - заместитель Председателя Правления ООО "ЮКОС-Москва".
В 1998 - 1999 гг. входил в состав Совета директоров ОАО "Банк МЕНАТЕП".
С 2000 года - президент ООО "ЮКОС-Москва".
В октябре-ноябре 2003 г. Шахновский менее месяца был членом Совета Федерации Федерального Собрания РФ от Эвенкийского автономного округа - без утверждения на этом посту самим Советом Федерации (27 октября 2003 года Законодательный Суглан (парламент) Эвенкийского автономного округа избрал Василия Шахновского своим представителем в Совете Федерации ФС РФ.
В ноябре 2003 г. решение парламента Эвенкии отменено Красноярским краевым судом из-за нарушения процедуры избрания. 24 ноября Шахновский написал заявление в Суглан Эвенкийского автономного округа с просьбой о досрочном прекращении своих полномочий в должности члена Совета Федерации.
В 1990-93 гг. - депутат Моссовета.
По состоянию на 2003 год совладелец (7% акций) компании Group MENATEP Limited (Гибралтар), которой принадлежит контрольный пакет нефтяной компании ЮКОС (согласно данным, опубликованным в июле 2002 года).
В 2003 году включен журналом Forbes в список миллиардеров (состояние оценено в $1 млрд).
Награжден Орденом Почета в 1997 году.
Другие награды: Благодарность Президента РФ.
Женат вторым браком. Имеет троих детей.