ОАО «ННК» было образовано 1 июля 1998 года решением Администрации Ненецкого автономного округа. Компания получила лицензии на недропользование по нескольким месторождениям углеводородов на территории округа. Это направление развития компании не имеет на современном этапе реального продолжения. Впоследствии одним из направлений компании стало участие и представление интересов Ненецкого автономного округа в международном проекте Харьягинского соглашения о разделе продукции (ХСРП).