НИИЭС создан в 1949 г. выделением из состава института «Гидропроект»  Научно-исследовательского сектора (НИС) с присвоением ему прав научно-исследовательского института союзного значения.
В 1991 г. НИС Гидропроекта был преобразован в Научно-исследовательский институт энергетических сооружений (НИИЭС).
В 1994 г. НИИЭС преобразован в ОАО «Научно-исследовательский институт энергетических сооружений» в составе ОАО РАО «ЕЭС России».
В мае 2006 г. решением властей РФ НИИЭС включен в состав РусГидро ( тогда ГидроОГК).
Ныне - филиал Института Гидропроект.